Emniyet Genel Müdürlüğü bünyesinde gerçekleştirilen görev dağılımı kapsamında, kurumun en kritik birimlerinin yönetimi Emniyet Genel Müdür Yardımcısı Mustafa Çalışkan’a devredildi. Eski İstanbul Emniyet Müdürü Çalışkan; Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Mücadele, Narkotik, Özel Harekat ile Terörle Mücadele daire başkanlıklarının sorumluluğunu üstlenerek teşkilatın ana operasyonel yapısını koordine edecek.
Mustafa Çalışkan, İstanbul Emniyet Müdürlüğü vazifesini yürüttüğü süreçte dönemin İçişleri Bakanı Süleyman Soylu ile yaşadığı gerginliklerle kamuoyunun gündemine gelmişti. Söz konusu dönemde, Bakan Soylu’nun oğlunun kullandığı aracın polis ekiplerince durdurulup arandığı, olayın akabinde gerçekleşen telefon temasında Çalışkan’ın Soylu’nun aramasını meşgule attığı iddia edilmişti.
Taraflar arasındaki anlaşmazlık iddialarının bir diğer başlığını ise Sedat Peker’e koruma polisi tahsis edilmesi konusu oluşturdu. Peker yayımladığı videolardan birinde Soylu’ya yönelik şu sözleri kaydetmişti:
Bana koruma polisini sen vermedin mi?
Soylu ise koruma tahsisi konusunda Çalışkan’ın Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü yaptığı döneme işaret etmiş, görevlendirme talimatında Çalışkan’ın imzasının bulunduğu öne sürülmüştü.
Hakkında açığa alınacağına yönelik iddiaların ortaya atıldığı dönemde Mustafa Çalışkan tepkisini şu ifadelerle açıklamıştı:
Türkiye’deki en dürüst insanı neden dolayı açığa alacaklar çok merak ediyorum. Çıksın bir görelim bakalım. Türkiye’de insanlar var. Dürüst siyasetçiler var. En başta Sayın Cumhurbaşkanı var. Mustafa Çalışkan gibi bir insanı açığa kim alacak, nasıl alacak bir görelim bakalım. Çok merak ettim
